Собственно когда возникает необходимость в таком выборе:
1. когда следует продвигать большое количество малосвязанных друг с другом запросов (например - телевизоры, телефоны и т. п.). Можно их все продвигать через главную страницу, но при большом количестве запросов (желаемых) страница будет перегружена и не только визуально.
2. при необходимости продвижения большого количества запросов связанных между собой (например виза в Чехию, виза в Швейцарию, виза в Германию и т. п.)
3. когда кажется, что чтобы ни делал специалист (или "не очень" специалист 
),. но сайт по определённому запросу не поднимается выше N-ого места
... и другое.
В качества примера приведу два простых примера из собственной практики, которые многое прояснят.
Пример #1.
Сайт (фирма) предлагает услуги по "организации свадеб" (желаемый к продвижению запрос). Главная страница по содержанию, логике и смыслу прекрасно подходит для продвижения такого запроса. На главную страницу сайта ссылаются очень много ресурсов (ТИЦ более 1500), есть простые каталоги, а есть и серьёзные главные страницы других сайтов с желаемым запросом в тексте ссылок.
По этому запросу сайт занимает первые места во всех поисковиках кроме... Yandex.. "Как грустно...
"- скажете вы и будете абсолютно правы. А причина кроется именно в обратных ссылках. Напоминаю, мы рассматриваем Yandex. Над сайтом до нашего вмешательства была проведена большая работа (нельзя сказать, что очень хорошая). Было поставлено много ссылок с каталогов с одинаковым содержанием текста ссылки (организация свадеб) - эти ссылки были однотипными; также на главную страницу было проставлено много ссылок, в текстах которых было большое количество разнообразных запросов (даже которые не упоминались на главной странице).
). Из-за особенностей движка главной страницей приходилось продвигать сразу несколько основных запросов. Из-за чего в итоге пришлось перегрузить информацией главную страницу и немного перегрузить по ссылочному. Эффект от работы был хорошим - запросы были в топ10 yandex, но мне это не нравилось, так как позиции были не твёрдые и периодически приходилось возвращать их в топ, также я знал что в этой тематике и такой конкуренции можно выжать со временем больше. Клиенты попались на редкость замечательными, вникли и стали делать новый сайт (занимался разработкой специалист клиента) под моими рекомендациями и советами.